使命
存保会的使命是根据《存款保障计划条例》（《存保条例》）和国际间的最佳做法，维持一个既具效率又有成效的存款保障计划。
职能
根据《存保条例》第5条，存保会的职能包括：
维持存保计划；
收取成员银行的供款；
管理存保基金；
在成员银行倒闭时向存户发放补偿；以及
从倒闭成员银行的资产中讨回已经向存户支付的补偿金额。
与香港金融管理局的关系
根据《存保条例》第6条，除非财政司司长另有指示，否则存保会须透过金融管理专员执行其职能。因此香港金融管理局（金管局）为存保会执行存保计划的管理工作，并已经就此安排一组专业和支援员工协助存保会履行其职能。
该组人员由金管局其中一位助理总裁领导，而该助理总裁亦获委任为存保会的总裁负责监督存保计划的日常运作。此外，金管局亦为存保会提供行政支援，包括会计、行政、人力资源及资讯科技。此项安排所衍生的支出，存保会根据《存保条例》的规定以成本价向金管局偿付。有关细节载于存保会与金管局签订的合作备忘录。
